扁桃体发炎主要由病原微生物感染引起，其中A组乙型溶血性链球菌是较为常见的致病菌，约10%-30%的扁桃体炎由其引发。
感染源方面的因素
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌、肺炎链球菌等也能导致扁桃体发炎。比如肺炎链球菌引发的扁桃体炎，在儿童群体中较为多见。病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等病毒感染也会诱发扁桃体发炎。例如由腺病毒引起的扁桃体炎，往往具有一定的传染性，在集体生活环境中容易传播。
自身机体状况相关因素
免疫力低下： 当人体免疫力下降时，比如长期过度劳累、缺乏充足睡眠等情况，就更容易遭受病原体侵袭而引发扁桃体发炎。例如一些经常熬夜加班的人群，相对来说扁桃体发炎的几率会比作息规律的人高。慢性疾病影响： 患有如糖尿病等慢性疾病的人，由于机体代谢等功能受到影响，身体抵抗力较差，也更容易出现扁桃体发炎的情况，而且病情可能相对更难恢复。
环境及生活习惯因素
气候因素： 季节更替时，气温变化较大，如果没有及时增减衣物，人体容易受凉，从而使扁桃体的抵抗力降低，增加发炎的风险。比如在秋冬季节交替时，气温忽高忽低，扁桃体发炎的患者数量往往会增多。不良生活习惯： 长期吸烟的人，烟草中的有害物质会刺激扁桃体，损害扁桃体的正常防御功能，容易引发扁桃体发炎。还有过度用嗓的情况，也会对扁桃体造成一定的刺激，增加发炎的可能性。