月经完了之后腰疼可能由多种原因引起，比如盆腔充血尚未完全消退，约有20%左右的女性在月经后会出现不同程度的腰部不适。
生理性因素导致
盆腔充血残留：月经期间盆腔处于充血状态，月经结束后，盆腔充血不会立刻完全消退，可能还会持续1 - 2天，这就可能引起腰部酸胀疼痛，一般这种疼痛程度较轻，多在月经结束后1 - 2天内逐渐缓解。激素变化影响：月经结束后，体内激素水平会有一定波动，前列腺素等物质的变化可能会影响腰部肌肉的紧张度，从而导致腰疼，这种情况通常随着激素水平逐渐稳定，腰疼也会慢慢减轻。
妇科疾病相关
盆腔炎：如果患有盆腔炎，月经结束后炎症可能仍然存在，炎症刺激会引起盆腔组织充血、水肿，进而牵扯到腰部出现疼痛。盆腔炎患者除了月经后腰疼，还可能伴有下腹部坠胀、白带增多等症状，白带可能呈脓性或伴有异味。子宫内膜异位症：子宫内膜异位症患者，异位的子宫内膜可能种植在盆腔、腰部等部位，月经结束后，异位的内膜组织也可能出现出血等情况，刺激周围组织引起腰疼。这类患者往往还会有进行性加重的痛经，疼痛程度可能较严重，影响日常生活。
腰部本身问题
腰肌劳损：长期久坐、久站、劳累等原因导致腰肌劳损的女性，月经结束后身体抵抗力相对较低，腰部肌肉的疲劳状态可能会显现出来，引发腰疼。腰肌劳损患者平时就有腰部酸痛，劳累后加重，休息后缓解的特点，月经结束后可能因为身体状态的变化而使腰疼更明显。腰椎间盘突出：本身有腰椎间盘突出的女性，月经结束后腰部的稳定性可能受到一定影响，突出的椎间盘可能会刺激周围神经，导致腰疼。腰椎间盘突出患者除了腰疼，还可能伴有下肢放射性疼痛、麻木等症状，咳嗽、打喷嚏时疼痛可能会加重。