霉菌性肠炎的症状表现主要分为急性肠炎和慢性肠炎两类。
一、急性肠炎。这是霉菌性肠炎的常见临床症状之一，多在夏秋季节发病。主要症状包括恶心、呕吐以及腹泻等。此类患者通常经过休息调整、饮食控制以及补液等措施后，有自愈的可能。但若长时间不能自愈，可在医生指导下，运用抗感染药物治疗和抗菌药物治疗，比如诺氟沙星、环丙沙星等。
二、慢性肠炎。同样是霉菌性肠炎的主要临床症状，主要体现为长期慢性的腹部疼痛、腹泻以及消化不良等情况，少数患者还会伴有便血症状。此类患者的主要治疗方式有抗菌治疗和对症治疗。抗菌治疗常用的药物有抗生素，如头孢菌素、喹诺酮类、庆大霉素等，若是真菌感染则使用制菌霉素；对症治疗常见的药物有针对腹痛的镇痛药物如阿托品，针对腹泻的止泻药物如蒙脱石散等。需要强调的是，以上药物均应在医生指导下使用。
总之，霉菌性肠炎有急性和慢性之分，各自有其典型症状，治疗方法也有所不同，具体用药务必遵循医生建议。