治疗灰指甲比较有效的药物主要有口服药和外用药。口服药方面，伊曲康唑是常用的，它一般采用冲击疗法，即每月服用一周，连续数月。外用药常见的有阿莫罗芬搽剂，需要坚持使用几个月才能看到较好效果。
口服抗真菌药
伊曲康唑： 属于广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。通常采用冲击疗法，也就是每个月服用一周，连续服用几个月，一般需要坚持3 - 4个月左右，能有效治疗灰指甲，但肝功能异常者需慎用。特比萘芬： 是一种烯丙胺类抗真菌药物，它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜角鲨烯的环氧化反应，影响真菌细胞膜的合成。一般连续服用数月，通常需要服用2 - 3个月，对灰指甲有较好的疗效，不过同样肝功能有问题的人要谨慎使用。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂： 它的有效成分能渗透进入甲板，抑制真菌的生长。使用时要先清洁病甲，然后每周涂抹1 - 2次，一般需要连续使用6 - 12个月，才能彻底治愈灰指甲，不过对于较严重的灰指甲，单纯外用效果可能不如口服药。环吡酮胺乳膏： 可以改变真菌细胞膜的完整性，使真菌细胞内容物漏出而发挥抗菌作用。每天涂抹病甲部位1 - 2次，需要长期使用，可能需要3 - 6个月甚至更久，而且对于增厚严重的病甲，渗透效果可能受限。
联合治疗情况
有时候会采用口服药和外用药联合治疗的方式。比如口服伊曲康唑的同时，外用阿莫罗芬搽剂，这样可以提高治疗效果，缩短治疗时间。不过联合治疗需要在医生的指导下进行，因为两种药物联合使用可能会增加一些不良反应的风险，需要监测肝功能等指标。
特殊人群注意事项
对于孕妇和哺乳期女性，一般不建议使用治疗灰指甲的药物，因为药物可能会通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿。儿童使用治疗灰指甲的药物也需要谨慎，通常要在医生严格评估后，权衡利弊再决定是否使用，因为儿童的肝肾功能还未发育完全，药物代谢可能与成人不同。