新生儿黄疸主要是因为新生儿体内胆红素代谢出现异常引起的。据统计，约60%足月儿和80%早产儿在出生后会出现生理性黄疸。
胆红素生成过多
红细胞数量多且寿命短： 新生儿红细胞数量比成人多，而且红细胞寿命相对较短，大约70~90天，而成人红细胞寿命是120天左右，所以红细胞更新快，产生胆红素多。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶含量比成人高，这种酶能促使血红素分解为胆红素，使得胆红素生成增加。
肝脏处理胆红素能力不足
肝细胞摄取胆红素能力弱： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，这两种蛋白是负责摄取胆红素的，所以摄取胆红素的能力较差。肝细胞结合胆红素能力不足： 新生儿肝脏内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）活性低且不足，该酶是将未结合胆红素转化为结合胆红素的关键酶，所以结合胆红素的能力不够。肝细胞排泄结合胆红素功能差： 新生儿肝细胞排泄结合胆红素的功能尚未发育完善，容易导致结合胆红素在体内堆积。
肠肝循环特点
肠道菌群未完全建立： 新生儿肠道内正常菌群尚未完全建立，肠道内的β - 葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶会将结合胆红素水解成未结合胆红素，使得未结合胆红素又被肠道重新吸收进入血液循环，增加了胆红素的肠肝循环，从而加重黄疸。