引起口吃的主要原因较为复杂，一般认为遗传因素可能是其中一个方面，有研究表明约60%的口吃患者有家族遗传倾向。
遗传因素相关
基因方面： 目前发现某些基因的突变或变异可能与口吃的发生有关，比如研究发现一些参与语言相关神经通路发育的基因出现异常时，就容易增加口吃的发病风险。家族聚集性： 如果家族中有亲属患有口吃，那么其他成员患口吃的概率比普通人群要高一些，不过具体的遗传方式还在进一步研究中。
神经生物学因素
大脑神经通路异常： 大脑中负责语言表达和处理的神经通路出现功能失调可能导致口吃。例如，大脑额叶、颞叶等区域与语言相关的神经传导出现问题，会影响语言的流畅性。比如大脑左半球的某些语言中枢之间的协调出现障碍，就可能使得说话时出现停顿、重复等口吃表现。神经递质失衡： 像多巴胺、5 - 羟色胺等神经递质在语言相关的神经活动中起着重要作用，如果这些神经递质的平衡被打破，也可能引发口吃。例如多巴胺水平异常可能影响大脑对语言运动的调控，从而导致口吃症状的出现。
心理社会因素
压力与情绪影响： 当人处于过度紧张、焦虑、恐惧等强烈情绪状态时，容易诱发口吃。比如孩子在面临重要的演讲场合、考试等压力情境时，可能会因为紧张而出现口吃现象。而且如果在成长过程中遭受过精神创伤、受到过多的批评指责等，也可能导致口吃的发生。例如有的孩子因为一次说话不好被严厉批评后，就可能在之后说话时变得紧张，逐渐发展为口吃。语言环境不良： 儿童时期如果所处的语言环境复杂、混乱，或者家长过度纠正孩子说话，给孩子过大的语言表达压力，也容易引发口吃。比如家长对孩子说话的准确性要求过高，孩子在表达时总是担心出错，就可能出现口吃情况。还有如果孩子周围有口吃的人，孩子可能会模仿而出现口吃。
发育因素
儿童发育阶段： 在儿童语言发育的关键时期，也就是3 - 5岁左右，可能会出现暂时性的口吃现象。这是因为这个阶段孩子的大脑语言中枢发育还不完善，而孩子的表达欲望很强，就可能出现说话不流畅的情况，不过大多数孩子随着年龄增长会自行好转。例如有的3岁孩子开始学说话时，可能会偶尔出现重复词语的情况，但过一段时间就好了。大脑发育未成熟： 对于幼儿来说，大脑各区域的协调能力还在发展中，在语言表达时，大脑指令传递到口腔肌肉等部位的过程可能不够顺畅，从而导致口吃。比如幼儿想要表达一个复杂的意思时，大脑还不能很好地指挥口腔肌肉准确、流畅地发出声音，就会出现口吃表现。