上呼吸道感染通常根据病情选择合适药物，一般普通感冒引起的上呼吸道感染，多数可通过对症用药缓解症状，病程大概1周左右。
对症治疗药物
解热镇痛药：
如果有发热、头痛、肌肉酸痛等症状，可选用对乙酰氨基酚。它能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用，成人常用剂量一次0.5克左右，若持续发热或疼痛，可间隔4 - 6小时重复用药一次，24小时内不超过4克。不过严重肝肾功能不全者禁用。
抗组胺药：
对于有打喷嚏、流鼻涕等症状的患者，可使用氯苯那敏。它能竞争性阻断组胺H₁受体，减轻过敏症状，但可能会引起嗜睡等不良反应，驾驶员、操作机械者等需谨慎使用，用药期间不宜饮酒。
镇咳药：
若咳嗽剧烈无痰，可选用右美沙芬。它通过抑制延髓咳嗽中枢发挥镇咳作用，口服后15 - 30分钟起效，作用可持续3 - 6小时。但痰多的患者禁用，因为可能会导致痰液排出受阻。
祛痰药：
当有痰液黏稠不易咳出时，可使用氨溴索。它能增加呼吸道黏膜浆液腺的分泌，减少黏液腺分泌，从而降低痰液黏度，还可促进肺表面活性物质的分泌，增加支气管纤毛运动，使痰液易于咳出。成人一般一次30毫克，一日3次，不良反应较少，偶见胃肠道不适等。
抗病毒药物
流感病毒感染：
如果是流感病毒引起的上呼吸道感染，发病48小时内可使用奥司他韦。它能抑制流感病毒神经氨酸酶活性，阻止病毒从被感染的细胞中释放，从而减少病毒的传播。成人一次75毫克，一日2次，儿童需根据体重调整剂量。但对奥司他韦过敏者禁用。
其他病毒：
对于普通病毒引起的上呼吸道感染，一般不需要常规使用抗病毒药物，因为目前尚无特效的抗病毒药物，主要还是以对症治疗为主。
中医中药
清热解毒类：
如银翘解毒片，它由金银花、连翘、薄荷等多种中药组成，具有辛凉解表、清热解毒的作用，可用于风热感冒引起的发热、头痛、咳嗽、口干、咽喉疼痛等症状。孕妇慎用，服药期间忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物。
辛温解表类：
像感冒清热颗粒，主要成分有荆芥穗、薄荷、防风等，能疏风散寒、解表清热，适用于风寒感冒，症见头痛发热、恶寒身痛、鼻流清涕、咳嗽咽干等。糖尿病患者及有高血压、心脏病等慢性病严重者应在医师指导下服用。