多囊卵巢综合症的病因目前尚未完全明确，但研究表明可能与以下因素有关。一般认为遗传因素可能起到一定作用，据统计，约60% - 70%的患者存在遗传异常。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合症，那么个体患病的风险会增加。研究发现，多囊卵巢综合症具有一定的家族聚集性，可能是由多个基因共同作用导致的遗传易感性。比如，某些特定的基因变异可能会影响内分泌调节等相关功能，从而增加患多囊卵巢综合症的几率。
内分泌失调方面
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）和垂体分泌的促性腺激素（如黄体生成素LH、卵泡刺激素FSH）之间的平衡失调。正常情况下，LH和FSH的比例相对稳定，以调控卵巢的排卵等功能。但在多囊卵巢综合症患者中，往往出现LH水平升高，FSH水平相对正常或偏低，这种LH/FSH比例失调会影响卵巢的卵泡发育，导致卵泡不能正常成熟和排卵，进而引发一系列症状。胰岛素抵抗与高胰岛素血症： 约50% - 70%的多囊卵巢综合症患者存在胰岛素抵抗。即机体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，导致高胰岛素血症。高胰岛素血症会刺激卵巢分泌过多的雄激素，进一步影响卵泡的发育和排卵，同时还可能引起肥胖等问题，形成恶性循环。
生活方式因素方面
肥胖影响： 肥胖是多囊卵巢综合症的一个重要相关因素，尤其是腹型肥胖。体重指数（BMI）超过25的人群患多囊卵巢综合症的风险明显高于正常体重人群。肥胖会通过影响内分泌代谢，加重胰岛素抵抗等情况，从而促进多囊卵巢综合症的发生发展。例如，腹部脂肪堆积过多会导致脂肪细胞分泌更多的瘦素等激素，干扰正常的内分泌调节。长期精神压力大： 长期处于高压力状态下，会影响神经内分泌系统的功能。比如，持续的精神紧张可能会导致下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节紊乱，使得激素分泌失衡，增加患多囊卵巢综合症的可能性。一些长期面临工作、生活等多方面压力的女性，患多囊卵巢综合症的风险相对较高。