多囊卵巢综合症的发病机制目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素、内分泌失调以及生活方式等多种因素有关。据研究，遗传因素在其中起到重要作用，如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合症，那么女性患病风险会增加。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 多囊卵巢综合症具有一定的家族聚集性。如果母亲或姐妹患有多囊卵巢综合症，那么女儿或其他姐妹患该病的概率比正常人群要高。有研究表明，遗传因素大约占该病发病原因的50% - 60%。基因层面关联： 目前已经发现一些与多囊卵巢综合症相关的基因位点，这些基因可能影响到内分泌调节、卵巢的功能等，从而增加患病的可能性。
内分泌失调因素
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节紊乱： 正常情况下，下丘脑分泌促性腺激素释放激素，刺激垂体分泌促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH），LH与FSH的比例失衡是多囊卵巢综合症的重要特征之一。一般正常情况下LH/FSH比例在1 - 2之间，而多囊卵巢综合症患者常常LH水平升高，FSH相对不足，导致LH/FSH比例大于2 - 3，进而影响卵巢的排卵功能，使卵巢持续产生雄激素，出现多毛、痤疮等症状。胰岛素抵抗： 约50% - 70%的多囊卵巢综合症患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗会导致身体分泌更多的胰岛素，而过量的胰岛素会刺激卵巢分泌过多的雄激素，同时还会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，进一步加重病情。
生活方式因素
饮食不规律： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会导致体重增加，而肥胖又是多囊卵巢综合症的重要诱发因素之一。例如，长期摄入过多的油炸食品、甜品等，会使身体代谢紊乱，影响内分泌系统的正常功能。缺乏运动： 随着现代生活方式的改变，很多人运动量减少。缺乏运动容易导致体重上升，进而引起胰岛素抵抗等问题，增加多囊卵巢综合症的发病风险。研究发现，每周运动时间少于1小时的人群，患多囊卵巢综合症的概率比运动充足的人群要高。长期精神压力大： 长期处于高压力状态下，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能，导致激素分泌紊乱，从而增加多囊卵巢综合症的发病几率。比如一些长期面临工作压力、生活压力较大的女性，患病风险相对较高。