生化妊娠是指精子和卵子结合形成受精卵，但受精卵未成功在子宫着床的情况，导致这种情况的原因有多种。据统计，生化妊娠在早期妊娠中占比较高。
染色体因素
胚胎染色体异常： 大约50% - 60%的生化妊娠是由于胚胎本身染色体异常导致的。受精卵在形成过程中，染色体可能发生数目或结构的异常，使得胚胎质量不佳，无法正常着床。比如，常见的染色体数目异常有三体、单体等情况，这种异常会影响胚胎的发育潜能，进而引发生化妊娠。父母染色体问题： 如果父母双方的染色体存在异常，也可能传递给胚胎，增加生化妊娠的发生风险。例如，平衡易位的携带者，他们的生殖细胞在减数分裂时可能产生异常的配子，结合形成的受精卵染色体异常概率升高，从而导致生化妊娠。
子宫因素
子宫解剖结构异常： 像子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会影响子宫的内环境，使得受精卵难以着床。纵隔子宫是由于胚胎时期双侧副中肾管融合不全，在宫腔内形成纵隔，这会占据宫腔空间，改变子宫内的微环境，不利于受精卵着床。另外，子宫内膜息肉也可能干扰受精卵着床，息肉会影响子宫内膜的容受性，阻碍受精卵的种植。子宫内膜厚度与容受性： 子宫内膜厚度不合适也会导致生化妊娠。一般来说，子宫内膜厚度在8 - 12毫米时比较适合受精卵着床，如果子宫内膜过薄（小于8毫米）或过厚（大于12毫米），都可能影响着床。而且子宫内膜容受性差也会引发问题，子宫内膜容受性是指子宫内膜允许受精卵着床的能力，一些因素如子宫内膜炎症、内分泌失调等都可能降低子宫内膜容受性，导致生化妊娠。
内分泌因素
黄体功能不全： 黄体分泌的孕酮对于维持子宫内膜的蜕膜化以及妊娠的继续非常重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，就会使子宫内膜发育不良，无法为受精卵着床提供良好的条件，从而容易发生生化妊娠。正常情况下，黄体期孕酮水平应维持在一定范围，若低于正常范围就可能存在黄体功能不全的问题。甲状腺功能异常： 甲状腺功能亢进或减退都会影响生化妊娠。甲状腺激素参与人体的多种代谢过程，与生殖内分泌密切相关。甲状腺功能亢进时，体内激素水平紊乱，可能干扰卵泡发育、排卵以及受精卵着床；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响子宫内膜的正常生长和受精卵的着床，增加生化妊娠的发生几率。
免疫因素
自身免疫异常： 例如抗磷脂抗体综合征，体内存在的抗磷脂抗体可与胎盘滋养细胞结合，影响胎盘的血管形成，阻碍胚胎的血供，导致胚胎发育不良，进而引发生化妊娠。另外，抗子宫内膜抗体阳性也可能对子宫内膜产生不良影响，干扰受精卵着床。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足也可能导致生化妊娠。正常妊娠时，母体免疫系统应对胚胎处于一种特殊的耐受状态，若这种耐受状态被打破，母体免疫系统攻击胚胎，就会导致胚胎着床失败，出现生化妊娠。比如一些免疫调节因子失衡等情况可能引发同种免疫异常。