小儿精神发育迟滞的原因较多，其中遗传因素是常见原因之一，约占40%左右。比如染色体异常，像21-三体综合征（唐氏综合征），就是由于染色体数目异常导致小儿出现精神发育迟滞。
先天性因素
孕期感染： 孕妇在妊娠早期感染风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可通过胎盘影响胎儿的神经系统发育，从而增加小儿精神发育迟滞的发生风险。例如，孕妇感染风疹病毒后，胎儿发生精神发育迟滞的概率会明显升高。孕期接触有害物质： 孕妇在孕期接触铅、汞等重金属，或者长期处于放射性环境中，会干扰胎儿神经系统的正常发育，引发小儿精神发育迟滞。比如长期生活在铅污染区域的孕妇所生小儿，患精神发育迟滞的可能性增大。
围生期因素
早产与低出生体重： 早产儿（胎龄小于37周）和低出生体重儿（出生体重小于2500克），由于在子宫内发育不完善，出生后容易出现神经系统损伤，进而导致精神发育迟滞。有研究显示，早产且低出生体重的小儿，精神发育迟滞的发生率比正常足月儿高很多。难产与窒息： 分娩过程中出现难产、胎儿窒息等情况，会使胎儿脑部缺氧，造成脑神经细胞受损，影响大脑的正常发育，引发精神发育迟滞。胎儿窒息时间越长，对脑部的损伤越严重，小儿患精神发育迟滞的可能性就越大。
出生后因素
脑部感染： 小儿出生后患上脑炎、脑膜炎等脑部感染性疾病，炎症会破坏脑神经组织，影响大脑的功能，导致精神发育迟滞。比如患化脓性脑膜炎的小儿，如果治疗不及时或不彻底，很容易出现精神发育迟滞的后遗症。脑部外伤： 小儿头部受到严重外伤，如车祸、高处坠落等导致颅脑损伤，会直接损伤脑部神经细胞和结构，引起精神发育迟滞。头部外伤越严重，对小儿精神发育的影响越显著。严重营养不良： 小儿在生长发育过程中长期营养不良，尤其是缺乏蛋白质、维生素B12等营养物质，会影响脑部的正常发育，导致精神发育迟滞。长期营养不良的小儿，智力发育往往落后于同龄人。