小腹总是隐隐作痛可能由多种原因引起，比如女性妇科方面的问题，像盆腔炎，它可能会让小腹持续或间歇性隐隐作痛，一般病程若较长可能会有反复情况；男性的话，前列腺炎也可能导致小腹隐隐作痛。另外，肠道问题也可能引发，比如慢性结肠炎，患者可能还会伴有大便习惯改变等情况。
可能的妇科原因及表现
盆腔炎： 多发生在性活跃的生育期女性。盆腔炎分为急性和慢性，慢性盆腔炎常常会有小腹隐隐作痛的情况，还可能伴有腰骶部酸痛，在劳累、性交后及月经前后症状可能会加重。一般通过妇科检查等可以辅助诊断。子宫内膜异位症： 子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位时称为子宫内膜异位症，患者会有小腹隐痛，还可能出现痛经进行性加重、不孕等情况，疼痛多在月经期间明显，且可能会持续整个经期。
可能的肠道原因及表现
慢性结肠炎： 病程较长，患者小腹隐隐作痛，疼痛部位多在左下腹或下腹，还可能伴有腹泻、黏液便等症状，腹泻程度轻重不一，有的患者腹泻与便秘交替出现。通过结肠镜检查可以看到结肠黏膜的炎症表现。肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠病，患者会出现小腹隐痛，疼痛程度一般较轻，多数人在排便后会有所缓解，还可能伴有腹胀、排便习惯改变，比如有的患者表现为腹泻，有的则是便秘，或者两者交替。
可能的泌尿系统原因及表现
慢性膀胱炎： 主要表现为小腹隐痛，同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，排尿后症状可能会有一定程度的缓解，尿液检查可能会发现有白细胞等异常。慢性肾盂肾炎： 患者也可能出现小腹隐隐作痛，还可能伴有腰酸、乏力等症状，部分患者会有低热表现，通过尿液检查和肾功能检查等可以辅助诊断。