扁桃体肿大主要由以下几方面原因引起。一般来说，急性扁桃体炎是导致扁桃体肿大较常见的原因，比如A组乙型溶血性链球菌感染，可引发急性化脓性扁桃体炎，使得扁桃体迅速肿大，伴有咽痛、发热等症状，体温可能会升高至38℃以上。
感染因素
病毒感染： 像EB病毒、鼻病毒等都可能引起扁桃体肿大。例如EB病毒感染引发的传染性单核细胞增多症，除了扁桃体肿大外，还会有发热、淋巴结肿大、肝脾肿大等表现。一般病毒感染引起的扁桃体肿大，病程相对有一定自限性，但也需要对症处理缓解症状。细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌外，葡萄球菌、肺炎链球菌等细菌感染也可导致扁桃体肿大。细菌感染引起的扁桃体肿大往往症状相对较重，咽痛更为明显，可能会有脓性分泌物附着在扁桃体表面。
免疫因素
当人体的免疫系统处于异常状态时，也可能导致扁桃体肿大。比如自身免疫性疾病累及扁桃体，免疫系统错误地攻击扁桃体组织，引发扁桃体的炎症性肿大。这种情况相对较少见，但一旦发生，需要针对自身免疫性疾病进行相应的治疗来控制扁桃体肿大的情况。
其他因素
反复刺激： 长期受到烟酒的刺激、有害气体的刺激等，会反复刺激扁桃体，导致扁桃体反复发炎，进而引起肿大。例如长期吸烟的人，烟草中的有害物质会不断刺激扁桃体，使得扁桃体黏膜反复受损，容易出现肿大的情况。另外，饮食方面长期吃辛辣、刺激性食物，也可能对扁桃体产生刺激，增加扁桃体肿大的风险。邻近器官炎症蔓延： 如鼻腔、鼻窦的炎症可蔓延至扁桃体，引起扁桃体肿大。比如鼻窦炎患者，炎症通过鼻窦与扁桃体相邻的解剖结构蔓延到扁桃体，导致扁桃体发生炎症性肿大。