扁桃体肿大通常是由多种因素引起的，其中最常见的是反复的炎症刺激。比如，急性扁桃体炎如果反复发作，就容易导致扁桃体肿大，儿童时期患扁桃体炎的几率相对较高，有数据显示儿童扁桃体炎的发病率能达到一定比例。
感染因素导致
病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等感染都可能引发扁桃体肿大。例如EB病毒感染时，除了扁桃体肿大，还常常伴有发热、咽峡部充血等表现，这种情况在青少年群体中相对多见。细菌感染： 乙型溶血性链球菌是常见的致病菌，当它感染扁桃体后，会引起扁桃体的炎症反应，导致扁桃体充血、肿大，患者会出现咽痛、吞咽困难等症状，而且这种细菌感染引起的扁桃体肿大往往起病较急。
免疫因素相关
自身免疫反应： 人体的免疫系统如果出现异常，可能会对扁桃体组织产生攻击，从而导致扁桃体肿大。不过这种情况相对较少见，但一旦发生，会使扁桃体长期处于肿大状态，并且可能伴随一些自身免疫性疾病的其他表现。
其他因素影响
邻近器官炎症蔓延： 比如鼻腔、鼻窦的炎症，其炎症分泌物可能蔓延至扁桃体，长期刺激扁桃体，引发扁桃体肿大。像鼻窦炎患者，如果炎症没有得到有效控制，就有可能波及扁桃体，导致扁桃体出现肿大、发炎等情况。过敏反应： 接触过敏原后，身体发生过敏反应，也可能引起扁桃体肿大。例如对某些食物、花粉等过敏时，除了出现皮肤瘙痒、皮疹等过敏表现外，扁桃体也可能因过敏而肿大，此时患者可能还会伴有打喷嚏、流涕等症状。