小儿肠胃炎通常可使用益生菌、肠黏膜保护剂等药物。一般来说，可在医生指导下选用合适药物缓解症状。
益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒： 能调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，有助于小儿肠胃炎的恢复。它含有枯草杆菌和屎肠球菌，可促进有益菌生长，抑制有害菌繁殖。双歧杆菌三联活菌散： 同样是调节肠道菌群的药物，能补充肠道有益菌，平衡肠道菌群失调，对小儿肠胃炎引起的肠道功能紊乱有一定的调节作用。
肠黏膜保护剂
蒙脱石散： 可在肠道内形成一层保护膜，覆盖、保护肠道黏膜，吸附病原体和毒素，促进肠道黏膜修复。小儿可根据年龄和病情按剂量服用，服用时需注意适量饮水。铝碳酸镁咀嚼片（儿童剂型）： 能中和胃酸，保护胃黏膜，缓解小儿肠胃炎导致的腹痛、腹胀、反酸等症状，但儿童需在医生指导下使用适合的剂型和剂量。
抗感染药物
细菌感染引起的肠胃炎： 如果是细菌感染导致的小儿肠胃炎，可能会用到抗生素，如头孢克肟颗粒等，但必须由医生根据病情判断是否需要使用，不能自行随意给小儿使用抗生素。医生会根据小儿的年龄、感染情况等选择合适的抗生素种类。病毒感染引起的肠胃炎： 对于病毒感染引起的小儿肠胃炎，一般不需要使用抗病毒的特效药，主要是对症支持治疗。但如果是轮状病毒等引起的，有时可能需要密切观察病情，进行补液等处理来缓解症状。
补液药物
口服补液盐Ⅲ： 小儿肠胃炎容易引起脱水和电解质紊乱，口服补液盐Ⅲ可以预防和纠正轻、中度脱水，补充钠、钾、氯等电解质。按照说明书的方法配制后让小儿服用，根据脱水程度和小儿的年龄来调整服用量。比如轻度脱水的小儿可以按每公斤体重50 - 100毫升的量在4 - 6小时内喝完。