新生儿先天性心脏病的症状表现因病情轻重而异。轻度的可能没有明显症状，而重度的可能在出生后不久就出现一些表现，比如约1/3的重症患儿在出生后1~2天内可能出现呼吸急促，频率可达每分钟60~100次以上，同时伴有喂养困难，体重不增。
皮肤黏膜表现
口唇面色异常： 部分患儿会出现口唇、指甲床青紫现象，尤其是在哭闹、活动后更为明显。这是因为心脏供血异常，导致血液中氧含量降低，从而使皮肤黏膜呈现青紫状态。皮肤花斑： 严重的先天性心脏病患儿可能会出现皮肤花斑，这是由于外周血液循环不良引起的，提示心脏功能可能已经受到较严重的影响。
呼吸方面表现
呼吸急促： 除了前面提到的出生后1~2天内可能出现呼吸急促外，还可能在安静状态下就有呼吸频率加快的情况。如果新生儿呼吸频率持续超过60次/分钟，就要高度怀疑先天性心脏病的可能。呼吸困难： 病情较重的患儿会出现呼吸困难，表现为鼻翼扇动、三凹征（即吸气时胸骨上窝、锁骨上窝、肋间隙明显凹陷）。这是因为心脏无法正常泵血，导致肺部淤血，影响气体交换。
生长发育表现
体重增长缓慢： 先天性心脏病会影响新生儿的营养摄入和利用，导致体重增长迟缓。正常新生儿在出生后的前几个月体重应该稳步增长，如果新生儿体重持续不增或增长缓慢，就要考虑是否存在先天性心脏病等疾病影响。发育落后： 部分患有严重先天性心脏病的新生儿，在运动发育、智力发育等方面可能比正常新生儿落后。例如，正常新生儿2个月左右会抬头，而患有先天性心脏病的新生儿可能到3个月甚至更晚才会抬头，这是因为心脏功能不佳，全身供氧不足，影响了整体的生长发育。