圆锥角膜的形成与多种因素相关。目前认为，遗传因素是其中一个重要方面，有研究显示约50%的圆锥角膜患者存在家族遗传倾向。另外，眼部发育异常以及一些不良的用眼习惯等也可能参与其形成过程。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 研究发现，圆锥角膜具有一定的遗传易感性，如果家族中有圆锥角膜患者，其亲属患病的风险比普通人群要高。例如，在一些有明确家族遗传史的家族中，后代患圆锥角膜的概率可能比无家族史人群高出数倍。基因相关： 目前已经发现了一些与圆锥角膜相关的基因位点，这些基因的异常可能影响角膜的正常结构和发育，使得角膜更容易出现圆锥样的改变。
眼部发育异常方面
角膜胶原纤维发育异常： 角膜主要由胶原纤维构成，正常情况下胶原纤维排列整齐有序。而在圆锥角膜患者中，可能存在角膜胶原纤维合成、排列异常的情况，导致角膜局部组织薄弱，逐渐向外突出形成圆锥形状。一般在青少年时期，这种眼部发育异常的问题逐渐显现，从而引发圆锥角膜。角膜生物力学异常： 正常角膜具有一定的生物力学特性，能够维持相对稳定的形态。但圆锥角膜患者的角膜生物力学发生改变，角膜的扩张能力增强，使得角膜向前突出，形成圆锥角膜。
不良用眼习惯影响
长期揉眼： 经常用力揉眼会对角膜产生不正常的压力，长期如此可能影响角膜的正常形态发育。比如，有些孩子养成了频繁揉眼的习惯，就可能增加患圆锥角膜的风险。不合理用眼： 长时间近距离用眼、过度使用电子设备等不合理用眼行为，虽然目前确切的关联机制还在研究中，但有相关研究推测可能会对角膜的发育和状态产生不利影响，在一定程度上可能促进圆锥角膜的形成。