圆锥角膜的病因目前尚未完全明确，但有几种主要因素可能导致其发生。其中，遗传因素是一个重要方面，据研究，约50%的圆锥角膜患者存在家族遗传倾向，若家族中有圆锥角膜患者，其亲属患病的风险比普通人群高出数倍。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 有数据显示，在圆锥角膜患者中，约半数左右能发现家族中存在类似病例，这表明遗传基因在圆锥角膜的发生中起到了关键作用。如果家族中有过圆锥角膜患者，其他家庭成员需要更加留意眼部健康状况，定期进行眼部检查。基因相关： 目前已经发现一些与圆锥角膜相关的基因位点，不过具体的基因作用机制还在进一步研究中，但可以确定遗传因素是圆锥角膜发生的重要诱因之一。
眼部发育异常因素
角膜胶原纤维异常： 正常角膜的胶原纤维排列有序，而圆锥角膜患者的角膜胶原纤维存在异常，导致角膜组织变薄、变凸，逐渐形成圆锥形状。这种胶原纤维的异常可能从胚胎发育时期就开始出现异常变化，影响了角膜正常的结构和功能。角膜生物力学异常： 正常角膜具有一定的生物力学稳定性，而圆锥角膜患者的角膜生物力学发生改变，使得角膜更容易向前突出形成圆锥。例如，角膜的基质层厚度不均匀，在一些区域变薄，导致角膜承受压力时不能均匀分布，从而促使圆锥角膜的形成。
环境及其他因素
长期揉眼等不良习惯： 长期频繁揉眼可能会对角膜造成一定的机械性损伤，虽然不是所有揉眼的人都会患圆锥角膜，但对于本身存在角膜发育潜在异常的人来说，长期揉眼可能会加重病情发展，促使圆锥角膜更早出现或者病情加重。某些全身性疾病影响： 有研究发现，一些全身性疾病可能与圆锥角膜的发生有一定关联，比如某些结缔组织疾病，虽然这种关联的具体机制尚不十分清楚，但提示身体整体的健康状况可能对角膜的发育和状态产生影响。不过这方面的研究还需要进一步深入，以明确具体的作用途径和机制。