睡眠呼吸暂停低通气综合征直接原因主要与上气道解剖结构异常、上气道神经肌肉功能障碍以及一些全身性因素有关。据统计，约有60%-70%的阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征患者存在上气道解剖结构的异常。
上气道解剖结构异常
鼻腔及鼻咽部因素： 鼻息肉、鼻甲肥大、鼻中隔偏曲等鼻腔和鼻咽部的病变会导致上气道狭窄。例如鼻息肉患者，增生的息肉会占据鼻腔空间，使得空气通过鼻腔进入气道的通道变窄，影响呼吸。口咽部因素： 扁桃体肥大、软腭松弛、悬雍垂过长等情况较为常见。成年人若扁桃体反复发炎导致肥大，会阻塞口咽部位，使气道变窄；软腭松弛的人在睡眠时，软腭容易后坠，堵塞气道。
上气道神经肌肉功能障碍
神经调节异常： 睡眠状态下，上气道的肌肉处于放松状态，正常情况下神经调节能维持气道开放。但在睡眠呼吸暂停低通气综合征患者中，神经调节功能出现异常，导致上气道肌肉不能有效收缩以保持气道通畅。比如某些神经系统病变可能影响对气道肌肉的控制信号传递。肌肉功能问题： 上气道的肌肉力量减弱也是原因之一。随着年龄增长，上气道肌肉力量可能会自然衰退，这也是老年人更容易患睡眠呼吸暂停低通气综合征的因素之一；另外，一些疾病导致的肌肉萎缩等情况，会使上气道肌肉支撑气道的能力下降。
全身性因素
肥胖： 体重指数（BMI）超过30kg/m²的肥胖人群，颈部脂肪堆积较多，会压迫上气道，增加气道狭窄的风险。有研究表明，肥胖者发生睡眠呼吸暂停低通气综合征的概率比正常体重者高3-5倍。内分泌紊乱： 如甲状腺功能减退症患者，由于甲状腺激素分泌不足，身体代谢减缓，可能会出现黏液性水肿，累及上气道时就容易引发睡眠呼吸暂停低通气综合征。此外，绝经后的女性由于体内激素变化，也可能增加患病风险。