耳朵背后长囊肿的原因有多种。其中皮脂腺囊肿比较常见，主要是由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。一般来说，这种囊肿生长较为缓慢。
一、先天性因素
鳃裂囊肿： 这是一种先天性疾病，是胚胎发育时期鳃裂残余组织所形成的囊肿。在胚胎发育过程中，鳃裂未能完全退化消失，就可能残留形成囊肿。它好发于颈侧部，也就是耳朵背后附近区域。
二、炎症刺激引起
淋巴结炎继发囊肿： 当耳朵周围的组织发生感染时，比如耳部皮肤感染、咽喉部感染等，炎症可能波及到附近的淋巴结。如果淋巴结炎反复发作，就可能导致淋巴结结构改变，形成囊肿样改变。例如，当耳部皮肤有疖肿时，就可能引发附近淋巴结的炎症反应，长期不愈可能形成囊肿。
三、创伤因素
外伤后组织修复异常： 耳朵背后如果受到外伤，如擦伤、钝器伤等，在组织修复过程中可能出现异常。比如，受伤部位的纤维组织增生、包裹，形成类似囊肿的结构。例如，不小心被尖锐物体划伤耳朵背后，伤口在愈合过程中如果出现组织增生异常，就可能形成囊肿。另外，还有一种情况是表皮样囊肿，多因外伤致表皮植入皮下生长而成。这种囊肿可发生在身体的任何部位，当发生在耳朵背后时，就表现为耳朵背后的囊肿。总之，耳朵背后长囊肿的原因较为复杂，不同类型的囊肿有其各自不同的发病机制。如果发现耳朵背后有囊肿，应及时就医，进行详细检查，以明确囊肿的性质和病因，从而采取相应的治疗措施。