耳朵后面长囊肿的常见原因有以下几类。首先是先天性因素，比如先天性皮样囊肿，这是由于胚胎发育时期皮肤组织残留所形成，在胚胎发育的早期阶段，一些皮肤组织没有正常迁移到它们应在的位置，就可能残留形成囊肿，这种情况从胚胎发育阶段就已经存在潜在因素。
炎症感染引起
耳后淋巴结炎继发囊肿：当耳部周围组织发生炎症时，比如外耳道炎、中耳炎等，炎症可能波及耳后淋巴结，导致淋巴结反复发炎肿大，长期炎症刺激可能使淋巴结内形成囊性结构。例如，有研究发现约30%左右的外耳道炎患者可能会引发耳后淋巴结的继发改变，进而形成囊肿。皮脂腺囊肿：耳朵后面的皮脂腺分泌旺盛，如果皮脂腺导管堵塞，皮脂淤积就会形成囊肿。比如一些人因为局部皮肤清洁不到位，或者本身皮脂腺分泌功能较强，就容易出现导管堵塞情况。据统计，在皮肤科门诊中，因皮脂腺囊肿就诊的患者中，耳后部位也占一定比例，大约15% - 20%的皮脂腺囊肿发生在耳后区域。
创伤因素导致
外伤后形成：耳部受到外伤，如撞击、擦伤等，伤口在愈合过程中可能出现异常，导致组织增生形成囊肿。例如，有人在运动中耳部不小心撞到硬物，受伤后如果伤口愈合不良，就有可能形成囊肿。一般来说，有明确耳部外伤史的人群中，约5% - 10%会出现耳后囊肿相关情况。手术瘢痕相关囊肿：如果曾经在耳后做过手术，术后瘢痕修复过程中也可能形成囊肿，这与手术创伤引起的组织修复异常有关。
其他少见原因
先天性发育异常的其他类型：除了先天性皮样囊肿外，还有其他较少见的先天性耳部发育异常相关囊肿，比如先天性外耳道囊肿等，虽然相对罕见，但也可能出现在耳后区域附近。肿瘤性因素：虽然比较少见，但一些良性肿瘤也可能表现为耳后囊肿样改变，比如神经鞘瘤等，不过这种情况相对概率较低，大约占耳后囊肿病因的1%左右。