肚子隐隐作痛总有便意可能由多种原因引起，比如肠道感染，像细菌性痢疾，通常由志贺菌感染导致，患者除了有肚子隐痛、总想排便的感觉，还可能伴有腹泻、发热等症状，一般病程可能持续数天到一周左右。
一、肠道感染因素
细菌性肠炎： 多是由于食用了被细菌污染的食物引起，常见的细菌有大肠杆菌等。患者除了肚子隐隐作痛、总有便意外，大便可能会呈稀水样或黏液脓血便。一般通过大便常规检查可以发现白细胞等异常。病毒感染性肠炎： 如轮状病毒感染，多见于儿童。主要症状就是肚子痛、频繁想排便，大便多为水样便，病程一般在1 - 2周左右。
二、肠道功能紊乱因素
肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠道疾病，发病可能与胃肠动力异常、肠道菌群失调、精神心理因素等有关。患者会出现肚子隐隐作痛，总有便意的情况，但大便的性状会有所改变，比如有的表现为腹泻型，有的是便秘型，或者腹泻便秘交替型。这种情况可能会反复发作，病程较长，有的可能会持续数月甚至数年。功能性消化不良： 部分患者也可能出现肚子隐隐作痛，总有便意的伴随症状，同时还可能伴有腹胀、恶心、呕吐等消化不良的表现，与胃肠运动功能障碍、内脏高敏感性等因素有关。
三、肠道器质性病变因素
结肠炎： 比如溃疡性结肠炎，是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，主要症状有肚子隐痛、腹泻、总有便意，大便常带有黏液脓血。病程较长，容易反复发作，而且有发展为结肠癌的风险。结肠息肉： 当结肠有息肉时，也可能刺激肠道，导致肚子隐隐作痛，总有便意，部分患者还可能出现便血等症状。息肉有不同的大小和性质，通过肠镜检查可以发现并进行相应处理。