磷霉素钠和头孢都属于抗菌药物，但它们有明显区别。磷霉素钠价格相对较为亲民，一般一支价格可能在几元到十几元不等；而头孢类药物种类较多，价格差异较大，普通的一代头孢可能一支几元到十几元，三代、四代头孢价格会更高，可能一支几十元甚至上百元。
抗菌谱方面
磷霉素钠： 抗菌谱较广，对革兰阳性菌和革兰阴性菌都有一定抗菌作用。对大肠杆菌、沙雷菌属、志贺菌属等革兰阴性菌有较好抗菌活性，对金黄色葡萄球菌等革兰阳性菌也有一定效果。头孢类： 不同代的头孢抗菌谱有差异。一代头孢主要对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌（包括产酶菌株）、链球菌等有较好抗菌作用，对部分革兰阴性菌也有一定活性；二代头孢对革兰阳性菌的作用与一代相似或稍弱，对革兰阴性菌的抗菌谱有所扩大，对流感嗜血杆菌、大肠杆菌等有一定作用；三代头孢对革兰阴性菌的抗菌活性较强，对铜绿假单胞菌等也有一定作用，对革兰阳性菌的作用相对较弱；四代头孢对革兰阳性菌、阴性菌的抗菌活性都比较强，尤其对一些耐药菌有较好作用。
作用机制不同
磷霉素钠： 是通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥抗菌作用。它能与细菌细胞壁合成过程中的关键酶结合，干扰细胞壁的正常合成，使细菌细胞失去保护屏障而死亡。头孢类： 主要是抑制细菌细胞壁的合成。头孢菌素能与细菌细胞内膜上的青霉素结合蛋白（PBPs）结合，抑制转肽酶的活性，阻碍粘肽的合成，导致细菌细胞壁缺损，从而使细菌细胞破裂死亡。
不良反应情况
磷霉素钠： 不良反应相对较少，常见的有胃肠道反应，如恶心、呕吐、食欲减退等，一般症状较轻。少数人可能出现皮疹、瘙痒等过敏反应，偶见暂时性血清氨基转移酶升高等情况。头孢类： 不良反应也较多样。常见的有胃肠道反应，如腹泻、腹痛等。过敏反应较为常见，可表现为皮疹、药物热、荨麻疹等，严重的可出现过敏性休克。部分头孢类药物可能会影响凝血功能，导致凝血酶原时间延长等，还有可能引起二重感染等情况。不同代的头孢不良反应发生情况也有所不同，一般来说，三代、四代头孢引起二重感染的风险相对可能稍高一些。