脑膜炎后遗症的表现多样，比如部分患者可能出现智力减退，有研究显示约15% - 20%的脑膜炎患者会遗留不同程度的智力问题。
神经系统方面的表现
认知障碍： 患者可能出现记忆力下降，尤其是近期记忆力减退较为明显，对于刚发生的事情很难记住。还可能有注意力不集中的情况，在进行日常活动时容易分散注意力。运动功能异常： 有的患者会出现肢体瘫痪，常见于一侧肢体，表现为肢体无力，活动受限。也可能出现不自主运动，比如手抖、肢体不自主抖动等情况。
精神方面的表现
情绪改变： 部分患者会出现情绪低落，整天闷闷不乐，对以前感兴趣的事情失去兴趣。也有患者会出现烦躁不安的情绪，容易发脾气。性格变化： 原本性格开朗的人可能变得孤僻，不愿意与人交流。或者原本内向的人变得更加怪异，行为举止与以往大不相同。
其他系统相关表现
癫痫发作： 约有10% - 20%的脑膜炎后遗症患者会出现癫痫发作，发作形式多样，可能是全身性抽搐，也可能是局部肢体的抽搐等。视力听力障碍： 少数患者会出现视力下降，看东西模糊不清。还有的患者会出现听力减退，对声音的敏感度降低，严重的可能导致听力丧失。