月经结束后腰疼可能由多种原因引起，其中较为常见的是盆腔充血未完全消退，一般这种情况会持续数天至一周左右逐渐缓解。
生理性因素导致
激素变化影响：月经期间体内激素水平会发生变化，月经结束后，盆腔可能还处于相对充血的状态，这种充血可能会刺激腰部神经，从而引起腰疼，一般不需要特殊治疗，注意休息，避免过度劳累，通常1 - 2周内可自行缓解。子宫位置异常：部分女性子宫位置过度前倾或后倾，月经结束后，子宫的位置可能会对周围组织产生牵拉，进而导致腰疼，一般通过改变体位等方式可能会有所改善。
妇科疾病引发
盆腔炎：如果女性本身有盆腔炎，月经结束后，炎症可能仍然存在，刺激盆腔组织，引起腰疼，同时可能还伴有下腹部坠胀、白带增多等症状。盆腔炎需要及时就医，一般需要使用抗生素进行治疗，治疗周期可能在1 - 2周左右。子宫内膜异位症：子宫内膜异位症患者，异位的子宫内膜可能会在盆腔等部位种植，月经结束后，异位内膜也可能会有少量出血等情况，刺激周围组织导致腰疼，还可能出现痛经进行性加重等表现。这种疾病的治疗比较复杂，需要根据具体病情采取药物治疗或手术治疗等。
腰部本身问题导致
腰肌劳损：女性在月经期间如果活动量较大，或者长期姿势不良，本身就可能存在腰肌劳损，月经结束后，腰部肌肉的劳损状态没有缓解，就会出现腰疼。腰肌劳损需要注意休息，可通过热敷、按摩等方式缓解，一般经过1 - 2周的休息和适当治疗能有所好转。腰椎间盘突出症：本身有腰椎间盘突出症的女性，月经结束后，身体状态变化可能会诱发或加重腰疼症状，同时可能伴有下肢麻木、疼痛等表现。腰椎间盘突出症较轻时可通过卧床休息、牵引等治疗，严重时可能需要手术治疗。