心内膜炎主要通过抗生素治疗来控制感染，一般需要持续用药数周。例如，急性感染性心内膜炎通常需要静脉应用抗生素4~6周。
抗生素治疗为主
经验性抗生素选择： 在未明确病原菌时，急性感染性心内膜炎常选用萘夫西林联合氨苄西林，再加上庆大霉素；亚急性感染性心内膜炎多选用青霉素联合氨基糖苷类药物，如青霉素联合链霉素。针对性抗生素选择： 如果是草绿色链球菌引起的心内膜炎，青霉素仍为首选药物；若为金黄色葡萄球菌感染，耐酶青霉素如苯唑西林可能更有效。
手术治疗情况
人工瓣膜置换术： 当出现严重瓣膜反流导致心力衰竭，或者抗生素治疗无效的真菌性心内膜炎时，可能需要进行人工瓣膜置换术。一般来说，年龄较大、身体状况较差的患者手术风险相对较高。心脏瓣膜修复术： 对于一些病变较轻的瓣膜，如二尖瓣病变，在有经验的心脏中心可以尝试心脏瓣膜修复术，尽量保留自身瓣膜功能，但修复成功的概率受瓣膜病变程度等因素影响。
支持治疗很关键
心力衰竭治疗： 心内膜炎患者出现心力衰竭时，需要使用利尿剂来减轻心脏负荷，比如呋塞米，通过促进尿液排出减少体内多余液体；还可能需要使用血管紧张素转换酶抑制剂（ACEI）类药物，如卡托普利，改善心室重构。营养支持： 患者需要保证充足的营养摄入，对于无法正常进食的患者可能需要通过肠内或肠外营养来维持身体营养状况，一般每天需要保证足够的蛋白质、热量等摄入，比如蛋白质摄入量应维持在1.0~1.5克/(千克·天)左右。