胚胎停育的原因有多种，据统计，约50% - 60%的胚胎停育与染色体异常有关。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 胚胎在发育过程中，染色体发生数目或结构的异常，这是导致胚胎停育最常见的原因之一。比如常染色体数目异常，像21 - 三体、18 - 三体等，又或者性染色体异常等情况，都会影响胚胎的正常发育，从而引发停育。父母染色体异常： 若父母双方有一方存在染色体平衡易位、倒位等结构异常，就有可能遗传给胚胎，导致胚胎染色体异常，进而引起胚胎停育。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。例如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，无法为胚胎提供良好的着床和发育环境，大约有30%的胚胎停育与黄体功能不全有关；甲状腺功能异常也会影响胚胎发育，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会干扰胚胎的正常生长发育进程。子宫异常： 子宫是胚胎着床和生长的场所。子宫肌瘤会影响子宫的宫腔形态和内膜血供，若肌瘤较大或位置特殊，就可能阻碍胚胎发育；子宫畸形，如纵隔子宫、单角子宫等，会使子宫腔形态异常，不利于胚胎着床和发育；子宫内膜炎会破坏子宫内膜的容受性，影响胚胎着床，增加胚胎停育的风险。
免疫因素
自身免疫异常： 母体自身存在一些自身抗体，如抗磷脂抗体综合征患者体内的抗心磷脂抗体等，这些抗体可导致胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血液供应，使胚胎缺血缺氧，最终引发胚胎停育。同种免疫异常： 母体对胚胎免疫耐受不足，母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，从而导致胚胎停育。比如自然杀伤细胞活性过高等情况，会干扰胚胎的正常发育。
外界因素
环境因素： 长期接触某些有害物质，如铅、汞、苯等化学物质，或者受到放射性物质的辐射，都可能影响胚胎的正常发育，增加胚胎停育的几率。另外，孕妇长期处于高温、高噪音等不良环境中，也可能对胚胎产生不利影响。不良生活习惯： 孕妇过度吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会对胚胎造成损害，影响胚胎的生长发育；过量饮用咖啡，其中的咖啡因也可能干扰胚胎的正常发育过程，增加胚胎停育的风险。