胚胎停育的原因有多种。据统计，约50% - 60%的胚胎停育与胚胎染色体异常有关，这是最常见的原因之一。
染色体因素：
胚胎自身染色体异常： 胚胎在发育过程中，由于各种原因导致染色体数目或结构发生异常，使得胚胎无法正常发育，从而引发停育。这种情况是自然淘汰的一种表现，因为异常的胚胎难以继续正常生长。父母染色体异常： 若父母一方或双方存在染色体结构或数目异常，也可能遗传给胚胎，影响胚胎的正常发育，增加胚胎停育的风险。比如平衡易位的携带者，他们孕育的胚胎发生染色体异常的概率较高。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。例如，黄体功能不全时，孕酮分泌不足，无法为胚胎提供良好的着床和发育环境，容易导致胚胎停育。甲状腺功能异常，无论是甲亢还是甲减，都可能影响胚胎的生长发育，增加胚胎停育的可能性。一般来说，甲状腺功能减退患者需要将甲状腺激素水平调整到正常范围后再考虑受孕。子宫异常： 子宫是胚胎着床和生长的场所。子宫肌瘤，尤其是黏膜下肌瘤，会影响宫腔内环境，阻碍胚胎着床和发育；子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，也会因宫腔形态异常影响胚胎发育；宫腔粘连同样会对胚胎着床造成不利影响，增加胚胎停育风险。
免疫因素：
自身免疫异常： 母体自身存在某些自身抗体，如抗磷脂抗体综合征患者体内的抗磷脂抗体，会攻击胎盘血管，导致胎盘血流灌注不足，影响胚胎的营养供应，进而引发胚胎停育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，从而导致胚胎停育。这种情况在反复胚胎停育的患者中较为常见。
环境因素：
化学物质接触： 长期接触一些有毒有害的化学物质，如苯、甲醛等，会对胚胎的发育产生不良影响，增加胚胎停育的发生几率。例如，在一些化工行业工作的女性，如果没有做好防护措施，长期接触这些化学物质，怀孕后胚胎停育的风险会明显升高。辐射暴露： 过量的辐射，如长期接触X射线等，会损伤胚胎的细胞，影响胚胎的正常发育，导致胚胎停育。孕妇在非必要情况下应尽量避免接触辐射源。