胚胎停止发育的原因有多种。据统计，约50%-60%的胚胎停止发育与胚胎染色体异常有关，这是早期胚胎停止发育最常见的原因。
一、胚胎因素
染色体异常： 无论是数目异常还是结构异常的染色体，都可能导致胚胎发育异常，进而引发胚胎停止发育。比如常见的三体综合征等染色体数目异常情况。基因异常： 某些特定基因的突变或缺陷也会影响胚胎的正常发育，从而造成胚胎停止发育。
二、母体因素
（一）内分泌因素
黄体功能不全： 黄体分泌的孕激素对维持妊娠至关重要，如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，就无法为胚胎提供良好的着床和发育环境，容易导致胚胎停止发育。研究发现，约有20% - 25%的复发性流产与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退或亢进都会影响胚胎发育。甲状腺功能减退时，体内甲状腺激素水平降低，会干扰胚胎的正常生长发育进程；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会对胚胎造成不良影响。
（二）感染因素
病毒感染： 如孕妇感染风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，这些病毒可通过胎盘影响胚胎，导致胚胎停止发育。例如，孕妇感染风疹病毒后，胎儿畸形和流产的风险会明显增加。细菌感染： 一些细菌感染，如支原体、衣原体感染等，也可能引发胚胎停止发育。
三、父亲因素
精子染色体异常： 父亲的精子染色体如果存在异常，也可能传递给胚胎，影响胚胎的正常发育，增加胚胎停止发育的几率。
四、环境因素
（一）化学物质接触
过多接触有害物质： 孕妇长时间接触如铅、汞、苯、甲醛等化学物质，会对胚胎产生毒性作用，干扰胚胎的正常发育过程，导致胚胎停止发育。
（二）辐射影响
接受过量辐射： 孕妇接触过量的电离辐射，如在放射科工作未做好防护，或长时间处于有辐射的环境中，会损伤胚胎的细胞，影响胚胎发育，引发胚胎停止发育。