密集恐惧症的具体引起原因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下几方面有关。一般认为可能存在遗传因素的影响，有研究显示如果家族中有成员患有密集恐惧症，那么其他家庭成员患病的风险可能会相对增高。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 有学者通过对家族聚集性的研究发现，密集恐惧症具有一定的遗传易感性。如果一个人的直系亲属（如父母、兄弟姐妹等）中有患密集恐惧症的情况，那么其自身患上密集恐惧症的概率可能比普通人群要高一些。不过遗传因素并不是唯一的决定因素，只是增加了患病的可能性。
大脑神经机制方面
视觉处理差异： 从大脑神经机制来看，部分患有密集恐惧症的人在面对密集排列的物体时，大脑中特定区域的反应与常人不同。比如大脑的视觉皮层等区域对密集图案的处理可能存在异常。正常情况下，大脑能够平稳地处理各种视觉信息，但对于有密集恐惧症的人来说，当看到像密集的小孔、密集排列的虫卵等图案时，大脑相关区域会产生过度的反应，进而引发不适、焦虑等情绪。
心理社会因素方面
早期经历影响： 早期的一些特殊经历也可能诱发密集恐惧症。例如，有些人可能在童年时期偶然看到过让自己感到极度不适的密集图案，并且这种刺激留下了深刻的印象，之后在接触到类似图案时就容易触发密集恐惧症的症状。还有一些人可能在生活中受到过与密集相关的负面暗示等，也可能逐渐形成密集恐惧症。比如长期听到别人描述密集图案很可怕，自己在没有亲身体验时就产生了对密集图案的恐惧预期，久而久之可能发展为密集恐惧症。