药流第三天肚子疼的原因包括子宫收缩、流产不全以及宫腔感染。
一、子宫收缩。药流后子宫会收缩以促使宫腔内淤血和残留物排出，这就会引发轻微肚子疼痛的症状，这是正常现象。这种疼痛一般会持续3至10天左右，多数情况下在一周左右腹痛症状会逐渐减轻并消失。可以服用益母草颗粒来促进子宫收缩并进行观察。
1.子宫收缩的原理：通过收缩来推动宫腔内物质的排出。
2.疼痛特点：轻微，持续一定时间后会逐渐缓解。
3.应对措施：服用益母草颗粒。
二、流产不全。如果药流第三天肚子疼且疼痛感严重，同时伴有阴道大量出血的症状，那就可能与流产不全有关。此时应前往医院进行B超检查。对于较小的残留物，建议服用益母草颗粒、新生化颗粒或使用缩宫素以促使宫内残留物排出；如果残留物较大，则建议进行清宫手术处理。
1.流产不全的表现：腹痛剧烈且出血量大。
2.检查方法：B超检查。
3.处理方式：根据残留物大小选择药物或手术处理。
三、宫腔感染。在药流后如果护理不当，导致宫腔出现炎症感染，也会出现药流后肚子疼的症状，同时伴有阴道出血增多、淋漓不尽以及腰酸痛不适等。可以服用左氧氟沙星、甲硝唑、阿莫西林等药物进行抗炎治疗。
1.宫腔感染的原因：护理不当。
2.症状表现：肚子疼、出血异常、腰酸痛。
3.治疗药物：多种抗炎药物。
总之，药流第三天肚子疼可能由多种原因引起，需要根据具体症状和检查结果来确定原因并采取相应的处理措施。如果出现异常情况，应及时就医诊断和治疗。