治疗肠炎的药物有多种，比如氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它对轻、中度的溃疡性结肠炎有一定治疗作用。
抗生素类药物
细菌感染引起的肠炎：如果是细菌感染导致的肠炎，常用诺氟沙星等喹诺酮类抗生素，但需要注意18岁以下青少年禁止使用诺氟沙星，因为可能影响软骨发育。对于一些革兰氏阳性菌感染引起的肠炎，还可能用到青霉素类药物，不过使用前需要做皮试，防止过敏反应。
益生菌类药物
调节肠道菌群：益生菌类药物可以调节肠道菌群平衡来改善肠炎症状。比如双歧杆菌四联活菌片，它能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，一般适用于肠道菌群失调引起的肠炎，没有明显的年龄绝对禁忌，但婴幼儿使用时需在医生指导下，根据体重等情况合理应用。还有枯草杆菌二联活菌颗粒，也能调节肠道菌群，对因肠道菌群紊乱导致的肠炎有一定帮助，儿童可以使用，但要注意按照合适的剂量服用。
止泻类药物
缓解腹泻症状：如果肠炎患者腹泻比较严重，可使用蒙脱石散，它能在肠道形成保护屏障，吸附毒素和病菌，起到止泻作用。成人和儿童都可以使用，成人一般一次1袋（3克），一日3次，儿童用量根据年龄有所不同，1岁以下儿童一日1袋，分3次服用；1 - 2岁儿童一日1 - 2袋，分3次服用；2岁以上儿童一日2 - 3袋，分3次服用。不过如果是感染性肠炎，不能单纯止泻，需要配合抗感染等治疗。