总有口腔溃疡可能由多种原因引起。一般来说，复发性阿弗他溃疡在人群中的患病率约为20%左右。
缺乏维生素及微量元素
维生素B族缺乏：比如维生素B₂、维生素B₁₂等缺乏时，容易引发口腔溃疡。研究发现，长期饮食不均衡，摄入新鲜蔬果过少的人，患口腔溃疡的风险会增加。微量元素缺乏：像锌、铁等微量元素缺乏，也可能导致口腔溃疡频繁发生。例如，体内锌含量偏低时，会影响人体的免疫功能，进而增加口腔溃疡出现的几率。
口腔局部刺激
牙齿咬伤：不小心咬到口腔黏膜，就可能形成创伤性口腔溃疡。比如吃饭时说话、大笑等，容易咬到颊侧、舌侧黏膜，从而引发口腔溃疡，这种情况在吃饭速度快的人群中较为常见。不良修复体：不合适的假牙、牙套等口腔修复体，长期摩擦口腔黏膜，也会导致口腔溃疡反复出现。如果假牙的边缘不光滑，长期刺激牙龈和黏膜，几个月甚至更短时间内就可能引发口腔溃疡。
免疫系统异常
自身免疫性疾病：像白塞病，就会出现反复口腔溃疡的症状，同时还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等。白塞病是一种慢性自身免疫性疾病，好发于16~40岁的人群，口腔溃疡只是其众多症状中的一种表现。免疫功能低下：当人体免疫力下降时，比如感冒、过度疲劳、熬夜后，就容易受到病原体侵袭，进而引发口腔溃疡。一般来说，连续熬夜2~3天后，很多人就可能出现口腔溃疡。