吞咽困难的治疗方法需根据病因来定。如果是咽喉部炎症导致的吞咽困难，一般通过规范治疗炎症，短期内可改善，比如上呼吸道感染引发的咽喉炎症，经过7~10天规范抗炎等治疗，吞咽困难多能缓解。
因口咽部问题导致的吞咽困难
口腔疾病引起： 若因口腔溃疡导致吞咽困难，要保持口腔清洁，可用淡盐水漱口，一般7~10天溃疡愈合后吞咽困难就会改善。像复发性阿弗他溃疡，通过局部使用促进愈合的药物，能加速恢复。咽部病变导致： 咽部肿瘤引起的吞咽困难则需要根据病情采取手术、放疗等治疗手段，早期肿瘤经合适治疗后有改善吞咽的可能，但如果是晚期肿瘤，改善难度较大。
因食管问题导致的吞咽困难
食管炎症造成： 反流性食管炎引发的吞咽困难，患者要注意避免睡前2~3小时进食，睡觉时可将床头抬高15~20厘米。使用质子泵抑制剂如奥美拉唑等抑制胃酸分泌，一般规范治疗4~8周后，吞咽困难症状会有所减轻。食管狭窄引起： 食管良性狭窄可通过内镜下扩张术来治疗，术后需定期复查。而食管恶性肿瘤导致的狭窄，治疗较为复杂，可能需要综合治疗来尝试改善吞咽情况，但总体预后相对较差。
因神经系统问题导致的吞咽困难
脑卒中引起： 脑卒中患者出现吞咽困难，在病情稳定后要尽早进行吞咽功能康复训练，康复训练可能需要持续数周甚至数月。比如通过吞咽肌群的训练、摄食训练等，部分患者能逐渐恢复吞咽功能。帕金森病导致： 帕金森病患者出现吞咽困难，可在医生指导下使用改善帕金森病的药物，同时进行吞咽康复训练，药物能在一定程度上改善患者的吞咽相关症状，但康复训练也很关键，需要长期坚持。