龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎可选用抗生素类药物，如莫匹罗星软膏等，通常用药后几天内症状会有所改善。
细菌感染性龟头炎用药
局部外用抗生素：对于较轻的细菌感染性龟头炎，可使用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，涂抹在患处，一般连续使用数天可见效。口服抗生素：如果感染较严重，可能需要口服抗生素，如头孢克肟胶囊，它通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌作用，但使用前需确认患者不对头孢类药物过敏。
真菌感染性龟头炎用药
外用抗真菌药：常见的有克霉唑乳膏，能抑制真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌功效，每天涂抹患处几次，坚持使用一段时间可缓解症状。口服抗真菌药：病情顽固或反复发作的真菌感染性龟头炎，可能需要口服伊曲康唑胶囊，它能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌固醇合成，但肝功能不全者需谨慎使用。
滴虫感染性龟头炎用药
硝基咪唑类药物：甲硝唑是常用药物，可口服也可外用。口服时能杀灭滴虫，外用的甲硝唑凝胶涂抹在龟头患处，能针对滴虫发挥作用，但孕妇及哺乳期女性使用需咨询医生。
过敏因素引起的龟头炎用药
抗组胺药物：如果是过敏导致的龟头炎，可使用氯雷他定片，它能竞争性阻断组胺H1受体，缓解过敏引起的瘙痒等症状，但可能会有嗜睡等不良反应，用药期间不宜驾驶车辆等。同时要避免再次接触过敏原，比如某些材质的内裤等。