子宫畸形主要是胚胎发育过程中出现异常引起的。在胚胎发育的第6 - 10周，生殖嵴两侧的副中肾管会逐渐发育融合形成子宫，如果这个过程出现问题，就可能导致子宫畸形。
遗传因素相关
基因层面影响： 某些遗传因素可能会干扰子宫发育的正常进程。比如一些与子宫发育相关的基因发生突变等异常情况，就有可能引发子宫畸形。有研究发现，家族中如果存在子宫畸形的遗传倾向，那么后代出现子宫畸形的风险会相对增加。染色体异常关联： 染色体数目或结构的异常也和子宫畸形有一定关系。例如特纳综合征患者，常常会伴有子宫发育异常的情况，其染色体核型多为45，XO或其他变异型，这类患者子宫往往比较幼稚或者出现畸形。
胚胎发育环境因素
母体早期疾病影响： 孕妇在怀孕早期如果感染某些病毒，像风疹病毒等，可能会影响胚胎的正常发育，进而干扰子宫的形成。另外，孕妇如果患有糖尿病等代谢性疾病，体内的激素水平等内环境发生改变，也可能对胚胎发育产生不利影响，增加子宫畸形的发生几率。药物等不良接触： 孕妇在孕期不慎接触一些致畸药物，比如在不知道怀孕的情况下服用了某些具有致畸性的药物，这些药物可能会干扰胚胎的正常分化和发育，导致子宫在形成过程中出现畸形。还有长期接触放射性物质等，也可能影响胚胎发育，引发子宫畸形。
内分泌因素影响
激素分泌失衡： 在胚胎发育时期，雌激素、孕激素等性激素的分泌对于子宫的正常发育至关重要。如果在胚胎发育阶段，母体体内的性激素分泌出现失衡的情况，比如雌激素水平过低或过高，孕激素分泌异常等，都可能影响子宫的正常形态和结构形成，从而导致子宫畸形。例如，在胚胎期孕激素水平不足，就可能影响子宫肌层等的正常发育，使得子宫出现畸形。