引起子宫畸形的原因目前尚不十分明确，一般认为可能与胚胎发育过程中的多种因素有关。
遗传因素相关
染色体异常影响： 某些染色体数目或结构的异常可能会干扰子宫的正常发育。例如，有研究发现，部分存在染色体畸变的胚胎在发育过程中，会出现子宫形态发育异常的情况。一些特定的染色体综合征，如特纳综合征等，患者发生子宫畸形的概率相对较高。
胚胎发育早期干扰
药物影响： 在胚胎发育的关键时期，如果孕妇服用了某些不当的药物，可能会干扰子宫的正常形成。比如，在怀孕早期不慎服用了具有致畸作用的药物，就可能影响子宫的形态构建。不过不同药物的影响程度不同，一些具有明确致畸风险的药物需要特别警惕。感染因素： 孕妇在妊娠早期如果受到某些病毒感染，也可能影响子宫的发育。例如，风疹病毒感染可能会对胚胎的生殖系统发育产生不良影响，增加子宫畸形发生的可能性。在怀孕早期，孕妇应尽量避免接触可能导致感染的环境和人群，以降低感染风险。
激素调节异常
雌激素与孕激素失衡： 在胚胎发育过程中，雌激素和孕激素对生殖器官的发育起着重要的调节作用。如果在关键时期这两种激素的分泌出现失衡，就可能影响子宫的正常形态形成。例如，雌激素分泌不足或孕激素分泌异常，都可能干扰子宫的分化和发育过程，从而导致子宫畸形。不过这种激素失衡的具体机制还在进一步的研究探索中。