美尼尔综合症确切病因目前尚未完全明确，一般认为可能与多种因素有关。目前研究发现，大约有10% - 15%的美尼尔综合症患者有家族史，遗传因素可能是其中一个原因。
内耳积水相关因素
内淋巴产生和吸收失衡： 内淋巴液的产生和吸收处于动态平衡状态。如果内淋巴产生过多，或者吸收障碍，就会导致内淋巴积水。比如，内耳血管纹功能紊乱可能会使内淋巴液分泌增多；而内耳的一些结构异常，像内淋巴囊的吸收功能出现问题等，都可能引起内淋巴吸收减少，进而引发美尼尔综合症。内耳免疫反应： 有研究表明，部分美尼尔综合症患者存在内耳免疫反应异常。当内耳受到某些抗原刺激时，身体的免疫系统会被激活，产生免疫反应，导致内耳毛细血管扩张，通透性增加，体液渗入膜迷路，引起膜迷路积水，从而诱发美尼尔综合症。例如，自身免疫性疾病相关的抗体可能会攻击内耳组织，影响内耳的正常功能。
内耳微循环障碍
血管痉挛： 各种原因可能导致内耳的小血管痉挛，比如情绪激动、劳累、寒冷刺激等因素都可能引起内耳血管痉挛。血管痉挛会使内耳的血液供应减少，内耳组织缺氧，影响内耳的正常代谢，进而可能导致美尼尔综合症的发生。一般在情绪波动较大后，可能会突然出现美尼尔综合症的发作症状。血液流变学异常： 当血液的黏稠度增加、血小板聚集性增强等血液流变学异常时，会影响内耳的血液循环。比如，一些患有高血脂、高血糖的患者，血液黏稠度较高，内耳的血液循环可能受到阻碍，容易引发美尼尔综合症。据统计，有基础疾病导致血液流变学异常的人群中，美尼尔综合症的发病风险相对较高。
其他可能因素
病毒感染： 某些病毒感染可能与美尼尔综合症的发生有关。比如，腮腺炎病毒、麻疹病毒、流感病毒等感染内耳后，可能会引起内耳的炎症反应，损伤内耳的结构和功能，导致膜迷路积水，从而引发美尼尔综合症。有研究发现，在美尼尔综合症患者的内耳组织中，有时可以检测到病毒相关的抗原或抗体。头部外伤： 头部受到外伤后，可能会导致内耳的结构受损，影响内耳的正常功能，进而增加美尼尔综合症的发病风险。比如，头部撞击伤、颞骨骨折等头部外伤，都可能对内耳造成不同程度的损伤，从而引发美尼尔综合症。不过，头部外伤导致美尼尔综合症的情况相对较少，但一旦发生，需要引起重视。