女性尿道炎主要是由病原体感染引起的，常见的病原体有大肠杆菌等，大约有80%的女性尿道炎是由大肠杆菌导致的。
病原体感染原因
大肠杆菌感染： 大肠杆菌是引起女性尿道炎常见的病原体之一。女性的尿道短而直，距离肛门较近，大肠杆菌很容易从尿道口侵入尿道并引发感染。比如，不注意会阴部卫生，粪便中的大肠杆菌就可能污染尿道口，从而增加感染尿道炎的风险。其他病原体感染： 除了大肠杆菌，葡萄球菌、变形杆菌等也可能引起女性尿道炎。这些病原体可以通过不同的途径进入尿道，比如性生活时不注意卫生，病原体可能随着性接触进入尿道引发感染；长时间憋尿，会使尿液在尿道内停留时间过长，为病原体的滋生繁殖创造条件，也容易诱发尿道炎。
个人卫生因素
会阴部清洁不当： 女性会阴部有较多的细菌，如果不注意每天清洗会阴部，会导致细菌在会阴部滋生，进而容易蔓延至尿道引起感染。例如，很多女性习惯只清洗外面，而忽略了肛门周围的清洁，粪便中的细菌就可能传播到尿道周围，增加尿道炎的发病几率。经期卫生不良： 女性在经期时，身体抵抗力相对较低，而且经血是细菌良好的培养基。如果使用的卫生巾不透气或者更换不及时，会阴部处于潮湿、不透气的环境，非常有利于细菌生长繁殖，从而容易引发尿道炎。比如，有的女性经期长达7天左右，如果卫生巾更换不勤，就大大增加了患尿道炎的可能性。
尿道结构与生理特点
尿道短且直： 女性尿道长度一般在3 - 5厘米左右，相较于男性尿道短很多，这使得病原体更容易从尿道外口进入尿道并上行感染。例如，男性尿道长约18厘米，有一定的弯曲度，细菌不容易直接侵入，而女性尿道的短直结构让细菌更容易入侵。性生活影响： 性生活时，会对尿道产生一定的机械性刺激，可能会损伤尿道黏膜，使尿道的防御能力下降，从而容易让病原体侵入引发尿道炎。而且，性生活还可能将外界的病原体带入尿道，增加感染的机会。比如，有多个性伴侣的女性，患尿道炎的风险相对较高。