三岁宝宝发热达39℃时需考虑的发热原因有：
一、感染性发热，比如由细菌、病毒、支原体等感染引发，像发烧急性上呼吸道感染、支气管炎、支气管肺炎、肠炎、肠梗阻等导致的发热；
二、外科急腹症，诸如阑尾炎、肠梗阻、肠套叠等疾病引起的发热；
三、饮食不当造成的急性胃肠炎、胃肠功能紊乱等引致的发热；
四、非感染性发热，包含川崎病、血液系统疾病等也会使小孩出现发热。
此时可采取的处理措施如下：
1.可选择口服退热药物，当下推荐的退热药物为布洛芬或对乙酰氨基酚，这两种药物安全性高，退热效果良好，不过对乙酰氨基酚建议2月以上宝宝使用，布洛芬推荐6月以上宝宝使用；
2.可让宝宝多喝水，在宝宝能配合的情况下进行物理降温，例如头部冷敷、温水擦浴以及洗温水澡等措施；
3.建议在口服退热药物及物理降温的同时，需及时到医院就诊，必要时完善血常规等相关检查，以防延误病情及治疗；
4.如果宝宝发热持续不退，或者出现嗜睡、呼吸费力、惊厥等表现，必须及时到医院就诊，避免延误病情。
总结概括提示：明确了三岁宝宝39℃发热的原因和可采取的处理措施，原因包括感染性、外科急腹症、饮食不当、非感染性等，处理措施涵盖口服退热药物、物理降温、及时就医等，要根据具体情况合理应对。