肾盂肾炎的治疗药物选择需根据病情等因素决定，一般常用抗生素治疗。比如急性肾盂肾炎多选用敏感抗生素，像喹诺酮类药物，如氧氟沙星等，一般通过使用这类抗生素可有效控制感染。
抗生素选择依据
根据病原体选药： 肾盂肾炎常见致病菌是大肠埃希菌等，对于大肠埃希菌感染，常用的抗生素有氟喹诺酮类，其对大肠埃希菌等有较好的抗菌活性。另外，头孢菌素类药物也可用于肾盂肾炎治疗，如头孢呋辛等，不过要根据感染的严重程度和患者具体情况来选择。
不同类型肾盂肾炎用药区别
急性肾盂肾炎： 一般需要静脉应用抗生素治疗，比如可以选用阿莫西林/克拉维酸等，静脉用药能更快地达到有效血药浓度，控制感染。通常需要用药10 - 14天左右，以彻底清除细菌，防止转为慢性。慢性肾盂肾炎： 急性发作时用药类似急性肾盂肾炎的治疗，需要选用敏感抗生素，而且在用药过程中要注意长疗程低剂量抑菌疗法，比如可选用复方磺胺甲噁唑，每晚睡前服用一次，持续较长时间，像3 - 6个月甚至更长时间，以预防复发。
特殊人群用药注意
孕妇： 孕妇患肾盂肾炎时用药需谨慎，比如喹诺酮类药物可能会影响胎儿发育，孕妇一般不宜使用，可选用毒性较小的抗生素，如头孢菌素类，如头孢克肟等，但也需要在医生严格评估后使用。老年人： 老年人患肾盂肾炎时，用药要考虑其肝肾功能情况，因为老年人肝肾功能减退，药物代谢和排泄减慢，所以需要调整药物剂量，选择对肝肾功能影响较小的抗生素，并且要密切监测肝肾功能指标。