月经结束第三天有同房，一般来说此时怀孕的概率相对较低，但也不是绝对安全。女性的月经周期不同，排卵期也会有差异，通常月经周期规律的女性，排卵期在下次月经前的14天左右，月经结束第三天距离排卵期相对较远，受孕几率大概在5% - 10%左右。
怀孕风险方面
受孕可能性： 虽然月经结束第三天怀孕几率相对低，但并非完全不会怀孕。如果女性月经周期较短，比如21天左右，那么月经结束第三天可能已经接近排卵期，就有怀孕的可能。特殊情况： 有些女性会出现额外排卵的情况，也就是在非排卵期时也排出卵子，这种情况下月经结束第三天同房也有受孕风险。
感染风险方面
局部感染： 同房时如果不注意卫生，容易导致阴道局部感染。因为月经刚结束，阴道环境还没有完全恢复正常，此时阴道的自净能力较弱，细菌等容易侵入。例如可能会引发阴道炎，出现阴道瘙痒、分泌物增多、有异味等症状。宫腔感染： 严重的情况下还可能引起宫腔感染，进而影响子宫的正常功能，可能导致月经紊乱、腹痛等问题。如果细菌上行感染到输卵管等部位，还可能影响以后的生育。
自身身体变化方面
阴道出血： 部分女性在月经结束第三天同房后可能会出现少量阴道出血的情况，这可能是因为同房刺激了还没有完全修复好的子宫内膜，导致少量出血。一般量不多，1 - 2天会自行停止，但如果出血量大或持续时间长，就需要及时就医。身体不适： 同房后可能会出现下腹部不适的感觉，如轻微的坠胀感等，这可能是由于同房时的机械刺激引起的。一般休息后可缓解，但如果不适持续不缓解或加重，也需要引起重视。