月经结束第三天可以同房，但需要注意以下几点：
1.怀孕风险低：月经结束第三天，通常处于安全期，怀孕的风险较低。然而，安全期并不绝对安全，精子可能在女性体内存活数天，所以仍然存在怀孕的可能。如果暂时不想要孩子，建议采取可靠的避孕措施。
2.感染风险：月经期间，子宫内膜脱落，子宫颈口张开，此时同房容易将细菌带入子宫，增加感染的风险。但月经结束后第三天，子宫颈口已经关闭，感染的风险相对较低。然而，为了降低感染的风险，仍然建议保持良好的卫生习惯，同房前后清洗外阴。
3.个体差异：每个人的身体状况和生理周期都有所不同。有些人可能在月经结束后第三天仍然有少量经血残留，或者子宫颈口尚未完全关闭。在这种情况下，同房可能会引起不适或增加感染的风险。如果对自己的身体状况有任何疑虑，最好咨询医生的建议。
4.其他注意事项：同房时应注意温柔、缓慢，避免过度刺激，以免引起不适或出血。如果出现异常症状，如腹痛、阴道出血、分泌物异常等，应及时就医。
总之，月经结束第三天可以同房，但需要谨慎。如果有任何疑虑或担忧，最好咨询医生的意见。此外，无论在任何时候，都应该重视性健康和避孕措施，以保护自己的身体和健康。