克罗恩病的病因目前尚未完全明确，一般认为是遗传因素、环境因素和免疫系统异常等多种因素共同作用导致的。据研究，遗传因素在克罗恩病发病中起到重要作用，约10%-20%的患者有家族史。
遗传因素方面：
基因关联： 已有研究发现多个基因与克罗恩病的易感性相关，比如NOD2/CARD15基因等。如果家族中有亲属患有克罗恩病，那么其他家庭成员患病的风险会比普通人群高一些。例如，有克罗恩病患者的一级亲属（父母、子女、兄弟姐妹），患病风险大约是普通人群的5-10倍。
环境因素方面：
饮食因素： 某些饮食成分可能会增加患病风险。比如吸烟，大量研究表明吸烟者患克罗恩病的风险比不吸烟者明显升高。另外，西方化的饮食结构，高动物脂肪、高蛋白而膳食纤维摄入不足的饮食，也可能对肠道黏膜产生不良影响，进而增加克罗恩病的发病几率。感染因素： 一些病原体感染可能与克罗恩病的发生有关。比如某些细菌、病毒等感染可能会触发肠道的异常免疫反应。虽然具体的感染机制还在进一步研究中，但已经发现肠道内的一些微生物群落变化可能与克罗恩病的发病相关。
免疫系统异常方面：
肠道免疫失衡： 正常情况下，肠道免疫系统能够很好地区分自身和外来的病原体等物质，保持平衡。但在克罗恩病患者体内，免疫系统出现了异常，肠道黏膜的免疫细胞会错误地攻击肠道自身组织，导致肠道出现慢性炎症反应。这种异常的免疫激活持续存在，就会引起肠道的一系列病变，如肠道的溃疡、狭窄、穿孔等表现，进而出现腹痛、腹泻、肠梗阻等克罗恩病的相关症状。