克罗恩病的病因目前尚未完全明确，一般认为是多种因素共同作用的结果。有研究显示，遗传因素在克罗恩病的发病中占有一定比重，大约10% - 20%的患者有家族史。
遗传因素方面：
基因关联：多个基因与克罗恩病的易感性相关，比如NOD2/CARD15基因等。携带某些特定变异的基因时，个体患克罗恩病的风险会增加。例如，携带NOD2基因某些突变的人群，相比不携带的人群，患病几率可能高一些。家族聚集性：如果家族中有亲属患克罗恩病，那么其他家族成员患病风险比普通人群要高。有统计表明，家族中有一名患者时，其他家庭成员患病风险约为5%左右，若有两名亲属患病，风险可能升至10% - 15%。
免疫系统异常方面：
肠道免疫反应失衡：人体肠道免疫系统在正常情况下能抵御外来病菌等，但在克罗恩病患者体内，免疫系统出现异常激活。肠道中的免疫细胞会过度反应，释放多种炎症因子，如肿瘤坏死因子 - α（TNF - α）等，长期的炎症因子释放会导致肠道持续炎症，引发克罗恩病相关的肠道病变，像肠道黏膜的充血、水肿、溃疡等情况。自身免疫攻击：免疫系统错误地将肠道自身组织当作外来病原体进行攻击。例如，免疫系统中的淋巴细胞等错误识别肠道内的正常细胞，进而发起持续的免疫攻击，破坏肠道正常结构和功能，导致克罗恩病的一系列症状出现。
环境因素方面：
饮食因素：某些饮食结构可能与克罗恩病发病有关。比如，长期高脂肪、低纤维饮食可能增加患病风险。有研究发现，与经常食用高纤维食物的人群相比，长期摄入高脂肪、低纤维食物的人群，克罗恩病发病风险可能高出2 - 3倍。另外，吸烟也被认为是一个环境风险因素，吸烟者患克罗恩病的风险比不吸烟者高，而且吸烟还可能使病情加重，影响治疗效果。感染因素：一些感染可能触发免疫系统异常从而导致克罗恩病。比如，某些细菌、病毒等感染可能作为诱因，启动肠道的免疫反应。虽然具体是哪些感染与克罗恩病确切相关还在研究中，但有证据表明，肠道内的一些特定细菌感染可能在易感人群中引发异常免疫反应，进而导致克罗恩病的发生。