阴茎皮肤有小疙瘩可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因和相应的治疗建议：
1.阴茎珍珠疹：这是一种常见的良性病变，通常不需要治疗。如果患者介意，可以通过激光、冷冻等方法去除。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，可通过性接触传播。治疗方法包括外用药物（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）、物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）和手术治疗。此外，还需要注意个人卫生，避免不洁性行为。
3.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。治疗方法主要是刮除疣体，然后涂抹抗病毒药物（如酞丁安霜、西多福韦软膏等）。
4.湿疹：可能与过敏、局部刺激等因素有关。治疗方法包括外用糖皮质激素乳膏（如糠酸莫米松乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等）、口服抗组胺药物（如氯雷他定、西替利嗪等）。同时，要保持局部清洁干燥，避免搔抓和刺激。
5.其他：阴茎皮肤有小疙瘩还可能是皮脂腺异位症、扁平苔藓、梅毒等原因引起。如果患者对小疙瘩的性质和原因存在疑虑，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便采取适当的治疗措施。
需要注意的是，以上治疗建议仅供参考，具体治疗方法应根据患者的具体情况而定。在使用任何药物之前，建议先咨询医生或药师的意见，避免自行用药导致不良反应。此外，保持良好的个人卫生习惯，避免不洁性行为，对于预防阴茎皮肤疾病的发生也非常重要。