直肠炎的治疗药物需根据具体病情选择，常用的有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。一般来说，氨基水杨酸制剂中的美沙拉嗪是较为常用的药物之一，它可以局部作用于肠道炎症部位，减轻炎症反应。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪： 适用于轻、中度直肠炎。它能抑制肠道前列腺素的合成和炎性介质白三烯的形成，从而减轻炎症。比如对于一些因免疫因素导致的轻度直肠炎患者，使用美沙拉嗪可以缓解腹泻、便血等症状。柳氮磺吡啶： 也是氨基水杨酸制剂的一种，它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸发挥抗炎作用，对直肠炎有一定的治疗效果，但部分患者可能会出现过敏等不良反应。
糖皮质激素类药物
氢化可的松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度、重度直肠炎患者，可考虑使用糖皮质激素。氢化可的松可以通过抑制炎症细胞的活化和炎症介质的释放来减轻炎症，但长期使用可能会有一些副作用，如骨质疏松等。泼尼松龙： 同样属于糖皮质激素，能快速缓解直肠炎的炎症症状，不过使用时要严格掌握适应证和剂量，因为长期大剂量使用可能会引起感染、血糖升高等问题，尤其要注意儿童使用时需谨慎评估风险。
益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊： 直肠炎患者肠道菌群往往失调，补充益生菌有助于恢复肠道菌群平衡。枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊可以调节肠道免疫功能，改善肠道微生态环境，辅助直肠炎的治疗，一般没有明显的禁忌证，但对其中成分过敏者禁用。双歧杆菌三联活菌散： 能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，对于直肠炎导致的肠道功能紊乱有一定的调节作用，儿童也可以在医生指导下使用，但需注意储存条件，要放在阴凉处保存。