结肠炎的治疗药物需根据病情类型等选择，常见用于治疗结肠炎的药物有氨基水杨酸制剂等，比如柳氮磺吡啶，一般需要连续使用数周甚至数月来控制炎症。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，适用于轻、中度溃疡性结肠炎。它在肠道内分解为磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸，5 - 氨基水杨酸可抑制炎症介质的产生。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂的一种，有口服剂型和栓剂、灌肠剂等局部剂型。口服美沙拉嗪可用于治疗轻、中度结肠炎；栓剂和灌肠剂适用于病变局限在直肠和乙状结肠的结肠炎患者，能直接作用于病变部位发挥抗炎作用。
糖皮质激素药物
泼尼松： 属于全身用糖皮质激素，对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度、重度结肠炎患者可使用。它能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、感染风险增加等。氢化可的松琥珀酸钠： 可用于重度结肠炎急性发作的静脉给药治疗，能快速缓解炎症症状，但同样需注意其可能带来的不良反应，如血糖升高、血压升高等。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，以及部分轻、中度慢性结肠炎患者。它通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效相对较慢，一般需要数月才能看到明显效果，且可能会有骨髓抑制等副作用，用药期间需定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于结肠炎的治疗，尤其适用于一些对其他免疫抑制剂不耐受的患者，使用时同样要关注血常规等指标的变化。