治结肠炎并没有绝对的最佳药物，需根据病情类型等选择。一般来说，氨基水杨酸制剂是常用药物之一，像柳氮磺吡啶，适用于轻、中度溃疡性结肠炎，它能在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症介质的产生。
氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪：有缓释片等剂型，可作用于肠道炎症部位，减轻炎症反应，对于轻、中度结肠炎有较好疗效，能缓解腹泻、腹痛等症状。奥沙拉嗪：也是氨基水杨酸制剂，适用于溃疡性结肠炎的治疗，能抑制结肠黏膜的前列腺素合成和炎症介质的释放。
糖皮质激素
泼尼松：属于全身用糖皮质激素，对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度、重度结肠炎患者可使用，能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、感染风险增加等。氢化可的松：可局部灌肠使用，对于左半结肠型结肠炎，通过灌肠能直接作用于病变部位，减轻局部炎症，但使用时需注意正确的灌肠方法和可能出现的局部刺激等反应。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，它能抑制免疫反应，但起效较慢，一般需数月才能发挥作用，使用过程中要定期监测血常规、肝功能等指标，因为可能会引起骨髓抑制、肝损害等不良反应。巯嘌呤：与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于结肠炎的治疗，同样需要密切监测相关指标。
生物制剂
英夫利昔单抗：是一种抗肿瘤坏死因子α的生物制剂，对于重度难治性结肠炎有较好的疗效，通过静脉输注给药，但价格相对较高，且可能会增加感染等风险，使用前需要评估患者的感染情况等。