鲍温样丘疹病主要与人乳头瘤病毒（HPV）感染有关，其中以HPV - 16型感染较为常见。
HPV感染因素
HPV - 16型为主因：研究发现，约70% - 80%的鲍温样丘疹病患者与HPV - 16型感染相关。HPV病毒会通过皮肤或黏膜的微小破损进入上皮细胞内，尤其在基底细胞，病毒基因组进行复制、转录，从而引起细胞的异常增殖和分化，导致鲍温样丘疹病的发生。传播途径相关：HPV主要通过性接触传播，所以性活跃的人群相对更容易感染HPV，进而增加患鲍温样丘疹病的风险。比如有多个性伴侣或者性生活开始年龄较小的人群，感染HPV的几率会升高，患鲍温样丘疹病的可能性也相应增加。
免疫因素
免疫功能低下者易发病：当人体免疫功能较弱时，比如患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，或者长期使用免疫抑制剂的人群，身体对HPV病毒的清除能力下降，就更容易受到HPV感染，引发鲍温样丘疹病。例如，艾滋病患者由于免疫系统被严重破坏，对病毒的监控和清除能力大幅降低，相比正常人更易患上包括鲍温样丘疹病在内的多种由病毒引起的疾病。自身免疫调节异常：自身免疫系统的调节异常也可能参与鲍温样丘疹病的发生。正常情况下，免疫系统能够识别和清除异常增殖的细胞，但当自身免疫调节出现问题时，就无法有效遏制被HPV感染细胞的异常增殖，使得鲍温样丘疹病得以发展。
其他可能因素
局部环境因素：局部皮肤的潮湿、炎症等环境因素可能会影响HPV感染后的发病过程。比如外阴部位如果长期处于潮湿的环境，就可能为HPV的存活和感染提供更有利的条件，增加鲍温样丘疹病的发生几率。遗传易感性：虽然目前关于鲍温样丘疹病的遗传易感性研究还不是非常充分，但有部分研究提示，某些遗传因素可能使个体对HPV感染的易感性增加，从而更容易患上鲍温样丘疹病。不过具体的遗传机制还有待进一步深入研究来明确。